Я ИП в собств. магазин с зем. участк. хочу построить квартиру над ним, что нужно для оформления документов?

Если ЗНП и ИЖС или ЛПХ, тогда берите разрешение на реконструкцию и стройте. Но лучше построить отдельное здание, т.к. сэс, пожарники и ростехнадзор смогут докапаться. По идее нежилое и жилое это уже многоквартирный дом, а это другие документы и разрешения. Да и нужно отделять работу и дом, ну хоть немного.