Как решить эти разногласия?

Организации были предоставлены земельные участки для установки остановочного комплекса с торговым павильоном без права капитального строительства. договоры аренды были зарегистрированы в территориальном управлении росреестра.
организация направила в адрес управления градостроительства и архитектуры муниципального образования уведомления о намерении изменить вид использования земельных участков на основной вид использования – магазин в отдельно стоящем здании, а также изменении в стой связи правил землепользования и застройки муниципального образования.
управление отказало в удовлетворении заявленной просьбы организации, так как статус территориальной зоны в отношении названного участка находится в стадии уточнения, в связи с чем внесён проект изменений в схему территориального планирования.
организация, считая себя правообладателем земельного участка, посчитала в данном случае её права нарушенными и обратилась в управление государственного строительного надзора за отменой и пересмотром решений комитета по строительству.