Имеет ли право ип, у которого нет печати, выставлять счет другому юр. лицу?

Конечно, имеет!
что это за документ такой, вообще, - счет на оплату? всего лишь "бумажка", в которой продавец извещает покупателя куда и в какой форме нужно произвести платеж, предусмотренный договором. .
в частности, этот счет, выставленный ип, может содержать указание внести платеж наличными в кассу или даже "на руки" ип. и ни одним нпа не установлено, что этот счет должен скрепляться печатью даже юр. лица, а уж тем более ип, который печать, вообще, иметь не обязан !