Можно ли предъявлять счет-фактуру по вывозу мусора, магазинам которые не хотят заключать с нами договор?

Если они фактически пользуются вашими мусоросборниками, предъявите им претензию на эти суммы, в которой напишите, что в противном случае вы будете вынуждены обратиться в суд с иском о неосновательном обогащении (стоимость вывоза мусора, который они выбрасывали, но вывоз не оплачивали). Удачи!