Можно ли удержать неустойку с задолженности?

Организация поставила по договору уголь школе на во время, а школа насчитала неустойку в размере 11 000 рублей организации и заплатила за поставленный товар, отняв от суммы поставленного товара неустойку! таким образом школа оплатила меньше на 11 000 рублей! правомерно ли то, что школа не доплатила или они обязаны были взыскать неустойку в судебном порядке? если можно ссылку на нормативные документы.