В сентябре вышел срок эксплуатации счетчика на горячую воду, жу предъявил счет с сентября по ноябрь месяцы по

Полностью пересчитывать вам не должны...
но сразу начислять плату за услугу горячего водоснабжения по нормативу тоже не имели права.
в случае истечения срока эксплуатации индивидуального прибора учета, первые 3 месяца плата должна начисляться, исходя из среднемесячного объема потребления гор. воды за предыдущие 6 месяцев, и только по истечение этих 3-х месяцев начисление должно производиться по нормативам потребления.
вот в этой части вы вправе требовать пересчета...
источник - п. 59 и 60 "правил предоставления коммунальных услуг собственникам и пользователям помещений в мкд и жилых домов", утв. постановлением правительства рф от 06.05.2011 n 354.удачи.