Имеют ли право высчитывать из зарплаты штраф за ношение телефона в рабочее время и не соблюдение субординации?

Да, конечно же не имеют Перечень дисциплинарных взысканий приведен в статье 192 ТК РФ и расширению не подлежит. И что касается штрафа - это административное наказание, которое к своим работникам работодатель применить не может - этим он превышает свои должностные полномочия.