Как вернуть деньги, если в магазине по карте прошел отказ, оплатили наличными, а оказалось, что два раза заплатили

Чек не является обязательным доказательством оплаты. обращайтесь сначала в магазин, в любом случае по кассе выйдет, что одна и та же операция будет проходить два раза.