Что делать? менеджер отгрузил клиента по товарному чеку. клиент в нем расписался. с клиентом работали давно.

Как правило товарный чек выписывается при оплате товара.
товарный чек - применяется при продаже товаров и содержит наименование магазина, дату покупки, перечень приобретаемого товара, его количество, цену и общую сумму покупки..."
либо покупатель его оплатил, а менеджер деньги присвоил (бывает и такое), и теперь пытается "съехать"... в любом случае с покупателя у вас вряд ли что получиться взять. привлекайте менеджера к дисциплинарной ответственности и удерживайте с него эту сумму.