В статье 28 ФЗ О защите прав потребителей говорится о неустойке за нарушение сроков

Можно взыскать как только нарушены сроки подрядчиком. В п.5 этой статьи говорится:" В случае нарушения установленных сроков выполнения работы (оказания услуги) ИЛИ назначенных потребителем на основании пункта 1 настоящей статьи новых сроков ...". Союз "ИЛИ" - главный момент, т.е. Вам предоставляется выбор. Далее назначаете новый срок и если он опять будет нарушен, то опять взыскиваете 3%. Условия же в договоре меняются, т.к. назначается новый срок.