Можно ли сейчас еще написать письменную претензию если уже Продавец взял часы на проверку под расписку сохранности ?

Можно-то можно. Да вот только не предъявив письменно иного требования, вы (считайте что) по умолчанию передали свои часы в РЕМОНТ (самое выгодное требование для продавца), если не докажете, что предъявляли иное требование. Навряд ли продавец после проверки качества станет интересоваться у вас, что же вам исполнить. Отремонтирует за счет изготовителя да и сохранит у себя ваши денежки или новые такие же часы, а старые часы вернет вам.