Как правильно должна проводиться экспертиза на соответствие качества товара?

"должна ли проводиться экспертиза в присутствии меня" - у вас есть такое право (см. ст.18 ЗоЗПП), только не прописана для продавца ответственность за нарушение. Максимум, в конкретных и сложных случаях может лишний раз поставить под сомнение выводы экспертизы. "имеет ли право продавец провести экспертизу в другом городе" - имеет. Если не доверяете продавцу, идите сразу в суд.